- 把藻的眼睛装进青蛙蛋:光遗传学两篇诺奖论文的实验拆解
诺奖新闻稿只讲英雄故事,这篇拆论文本身:2003 年那篇 PNAS 怎么用一串排除法证明「一个穿着 GPCR 外套的离子通道」存在——换离子、螯钙、洗掉细胞质、十纳秒激光;2005 年那篇 Nature Neuroscience 怎么用 GFP 滤光片就把蓝光变成神经元的遥控器——2.3 毫秒、0.5 毫秒抖动、95% 复现。重大发现不是灵光一现,是每一个实验都在杀死一个替代解释。
17 min - 从 2.62 TB 到 5,120 token:蛋白质模型的部署阶梯
ColabFold 1.6.3 全量 pip 安装、老卡 2.5x、ipSAE/pDockQ2 进主输出;AF2 的 monomer 推理被塞进手机浏览器。这篇按官方口径排一张部署阶梯:2.62 TB 的库、5,120 token 的 80 GB 担保线、940 GB 的绝对本地、免费层半小时的首跑——外加一张场景选型边界表,和为什么结果接近不等于认可等价。
18 min - 生信图表大全(第五篇):蛋白结构、变异与表达验证的 40 张图
第四篇收在 AI 多组学,但「结构 → 变异 → 表达」这条主线还欠一整篇:拿到一个点突变,怎么把它标到三维结构上?口袋是松了还是紧了?预测完之后,qPCR 和半定量 RT-PCR 怎么把结论落成柱状图和凝胶?这篇 …
113 min - 生信图表大全(第四篇):从蛋白互作到 AI 多组学的 30 张图
系列的最后一块拼图。前三篇走完了统计、转录组、群体遗传、基因组、表观和空间组学,这一篇收剩下的三大块:分子的层面(蛋白结构域、分子互作、湿实验验证,104-114)、群落的层面(微生物生态、代谢组与宏基因组,115-…
78 min - 生信图表大全(第一篇):41 张图的坐标轴、参数与绘制语言
读文献时最怕的不是方法看不懂,而是图看不懂。火山图为什么长两个翅膀,GSEA 那座小山包是什么,KM 曲线上的小加号又是谁——每张图都在用坐标轴和颜色讲一个统计故事,讲不通就会被审稿人抓住。
100 min - 训练大模型教会我的事,后来都用在了生物医药上
我的简历里有一行字:训练过语言模型。一行字背后是几百天的时间。从搭数据管线、训到一半 loss 炸了重来、把整套东西搬到华为昇腾 910B 上再踩一遍坑,到后来发现这套"训练语言模型"的思维居然能一路迁移到蛋白质预测…
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