- 不做一沓脚本:Linxira Bio SDK 的设计取舍与边界
一个本地优先、面向 Agent 的生信执行工具包:它把「每次现写一段脚本」换成「调用一个过了发布门槛的能力」。这篇讲它是什么、为什么长成这样、以及它刻意不做什么——不列性能数字,只讲设计与边界。
44 min - 何为 FDE:五个分量、九个阶段与一条判定线
FDE 常被解释成「懂技术、懂业务、能出差」——三句形容词,一个都不能检验。这篇把它拆到可判定的粒度:五个分量构成一个乘积模型,任一为 0 则整体退化;再用一条九段生物信息管线检验这五项,并说明溢价为什么不均匀地压在首尾两端。
42 min - 四种做生物计算的人:回流落在哪一层
把「搞生物计算的那批人」拆成四类:一次性计算、工具与应用开发、算法开发、Agent 应用开发。它们在五个分量上的缺口各不相同,而真正决定分层的不是能力清单,是复用方向——同一个能力面对很多客户,还是一个客户面对很多问题。
24 min - 光遗传学拿了诺奖:它与 AI 的硬连接,是因果数据
2026 生理学或医学奖颁给光遗传学。诺奖新闻稿自己点明了要害:二十世纪的方法无法证明因果关系——光遗传学给大脑带来了干预实验。这条「因果数据」生产线,正是 AI 神经科学的主粮:全光闭环(光遗传写入+成像读出)喂给深度学习解码;而视蛋白家族连「读出」端(Voltron 电压指示器)也一并承包。反向的一条线——AI 反哺工具(基因组挖掘、结构、工程)——是支线而非主线。
12 min - 一个本地优先生信 SDK 的两轮独立验证:从逐位复现到跨厂商 GPU
把「结果可复现」拆成两轮独立验证来兑现:第一轮在本地工作站逐位复现既有管线(TPM r = 1.000000、SHA256 逐字节相同),第二轮把同一套工具放上 NVIDIA 与摩尔线程两台云服务器(五类输出跨厂商哈希一致,Rust 实现比传统 Python 工具快 3.6–4.0 倍)。本文是两轮验证的合并叙述,并附一节已知问题与未说明的边界。
16 min - 群体重测序分析入门:从 FASTQ 到选择清除的完整地图
做惯了转录组和基因家族挖掘的人,第一次面对群体重测序(population whole-genome resequencing, WGS)项目时容易懵:同样是"测序数据下机",工具链、统计量和思维方式几乎完全换了一套…
16 min
返回